Screening mikroorganismů a patogenů na vybraném historickém pohřebišti

Show simple item record
dc.contributor.advisorPavelka Jaroslav, Mgr. Ph.D.
dc.contributor.authorZichová, Eva
dc.date.accepted2021-9-10
dc.date.accessioned2021-09-13T22:16:09Z
dc.date.available2019-6-14
dc.date.available2021-09-13T22:16:09Z
dc.date.issued2021
dc.date.submitted2021-7-30
dc.description.abstractPráce je zaměřena na screening bakterií na dvou historických pohřebištích. Bylo odebráno a následně zpracováno pět vzorků. Dva vzorky pocházejí z pohřebiště v Semonicích (asi 2. polovina 18. století), jeden z těchto vzorků byl získán odběrem z dutiny břišní, druhý pochází ze zubu. Druhou zvolenou lokalitou bylo pohřebiště v Hostivici (asi 2. pol. 16. až 1. pol. 17. století), zde byly odebrány tři vzorky, všechny ze zubů. Vzorky byly zpracovány v Bioptické laboratoři s.r.o., za pomocí metagenomické analýzy. Sekvenování bylo provedeno na přístroji IlluminaMiSeq, použitým softwarem byl Isas (Analysis Software) verze 2.6.2.3. Tímto způsobem bylo získáno značné množství dat, vyžadující podrobné zpracovaní. V každém z pěti vzorků bylo zařazeno do taxonomických jednotek přibližně 1 000 - 2 500 bakterií, přičemž čtení sekvencí a následné řazení do taxonomických jednotek někde dalo na konečném výstupu opakovaně stejné rody a druhy. Bylo zjištěno, že taxonomické zastoupení bakterií ze vzorku zubu z pohřebiště v Semonicích, se oproti vzorku odebranému z dutiny břišní v téže lokalitě neliší, přestože se odběr vzorků uskutečnil z těl dvou různých jedinců. Taxonomické zastoupení bakterií ve vzorcích získaných z Hostivice, se mezi sebou také významně nelišilo. Při vzájemném porovnání vzorků z obou lokalit, byly prokázány početní rozdíly u nejvíce se vyskytujících bakterií, nicméně jejich taxonomické zastoupení bylo v obou lokalitách v podstatě shodné. Podobné výzkumy nebyly zatím provedeny ani publikovány. Jedná se do značné míry o pilotní práci. Získaná data by měla být dále podrobněji zpracována, nabyté poznatky utříděny, a dále využity v odvětvích jako je pedologie nebo zemědělství.cs
dc.description.abstract-translatedThe work focuses on bacterial screening at two historical burial sites. Five samples were taken and subsequently processed. Two samples come from a burial site in Semonice (about the second half of the 18th century), one of these samples was obtained from the abdominal cavity, the other one comes from a tooth. The second selected place was the burial site in Hostivice (about between 2nd half of the 16th and 1st half of the 17th century), three samples were taken here, all from teeth. The samples were processed in the Bioptic Laboratory s.r.o. using metagenomic analysis. Sequencing was performed on Illumina MiSeq, the software used was Isas (Analysis Software) version 2.6.2.3. In this way, a significant amount of data was obtained which required detailed processing. In each of the five samples, approximately 1 000 - 2 500 bacteria were assigned to taxonomic units.Reading sequential data and subsequent classifying into taxonomic unitsrepeatedly showed the same genera and species at final output. It has been discovered that the taxonomic classification of bacteria from the tooth sample from the burial site in Semonice is no different from the sample taken from the abdominal cavity in the same site, although the samples were collected from bodies of two different individuals. The taxonomic classification of bacteria in the samples obtained from Hostivice was also not significantly different from one another. When comparing samples from both sites, numerical differences in the most frequent bacteria were demonstrated, but their taxonomic classification was essentially the same in both sites. Similar research has not yet been carried out or published. This is largely pilot work. The data obtained should be further elaborated in more detail, the acquired knowledge should be classified and be of further usein branches such as pedology or agriculture.en
dc.description.resultObhájenocs
dc.format71 s., xlvii s. (101 841 znaků)cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier81650
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/45168
dc.language.isocscs
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plznics
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezení.cs
dc.rights.accessopenAccessen
dc.subjectpohřebištěcs
dc.subjectscreeningcs
dc.subjectbakteriecs
dc.subjectmetagenomická analýzacs
dc.subjectillumina miseqcs
dc.subject.translatedburial sitesen
dc.subject.translatedscreeningen
dc.subject.translatedbacteriaen
dc.subject.translatedmetagenomic analysisen
dc.subject.translatedillumina miseqen
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta pedagogickács
dc.thesis.degree-levelBakalářskýcs
dc.thesis.degree-nameBc.cs
dc.thesis.degree-programPřírodovědná studiacs
dc.titleScreening mikroorganismů a patogenů na vybraném historickém pohřebištics
dc.title.alternativeScreening of microorganisms and pathogens at a selected historic burial siteen
dc.typebakalářská prácecs
local.relation.IShttps://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=81650

Files

Original bundle
Showing 1 - 4 out of 4 results
No Thumbnail Available
Name:
Bakalarska prace - Eva Zichova.pdf
Size:
2.56 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Plný text práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
ZICHOVA_VEDOUCI.pdf
Size:
429.71 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek vedoucího práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
ZICHOVA_OPONENT.pdf
Size:
692.57 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek oponenta práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
ZICHOVA_PRUBEH OBHAJOBY.pdf
Size:
118.49 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Průběh obhajoby práce
Download

Collections

Bachelor´s works (CBG)