Screening mikroorganismů a patogenů na vybraném historickém pohřebišti

Abstract

Práce je zaměřena na screening bakterií na dvou historických pohřebištích. Bylo odebráno a následně zpracováno pět vzorků. Dva vzorky pocházejí z pohřebiště v Semonicích (asi 2. polovina 18. století), jeden z těchto vzorků byl získán odběrem z dutiny břišní, druhý pochází ze zubu. Druhou zvolenou lokalitou bylo pohřebiště v Hostivici (asi 2. pol. 16. až 1. pol. 17. století), zde byly odebrány tři vzorky, všechny ze zubů. Vzorky byly zpracovány v Bioptické laboratoři s.r.o., za pomocí metagenomické analýzy. Sekvenování bylo provedeno na přístroji IlluminaMiSeq, použitým softwarem byl Isas (Analysis Software) verze 2.6.2.3. Tímto způsobem bylo získáno značné množství dat, vyžadující podrobné zpracovaní. V každém z pěti vzorků bylo zařazeno do taxonomických jednotek přibližně 1 000 - 2 500 bakterií, přičemž čtení sekvencí a následné řazení do taxonomických jednotek někde dalo na konečném výstupu opakovaně stejné rody a druhy. Bylo zjištěno, že taxonomické zastoupení bakterií ze vzorku zubu z pohřebiště v Semonicích, se oproti vzorku odebranému z dutiny břišní v téže lokalitě neliší, přestože se odběr vzorků uskutečnil z těl dvou různých jedinců. Taxonomické zastoupení bakterií ve vzorcích získaných z Hostivice, se mezi sebou také významně nelišilo. Při vzájemném porovnání vzorků z obou lokalit, byly prokázány početní rozdíly u nejvíce se vyskytujících bakterií, nicméně jejich taxonomické zastoupení bylo v obou lokalitách v podstatě shodné. Podobné výzkumy nebyly zatím provedeny ani publikovány. Jedná se do značné míry o pilotní práci. Získaná data by měla být dále podrobněji zpracována, nabyté poznatky utříděny, a dále využity v odvětvích jako je pedologie nebo zemědělství.