Computational framework for Protein-Protein docking prediction and experimental design

Show simple item record
dc.contributor.advisorGeorgiev Daniel, Doc. PhD.cs
dc.contributor.authorMoravec, Jiřícs
dc.contributor.refereeKuhajda Lukáš, Ing.cs
dc.date.accepted2024-09-11
dc.date.accessioned2025-03-13T15:55:34Z
dc.date.available2023-10-02
dc.date.available2025-03-13T15:55:34Z
dc.date.issued2024-08-26
dc.date.submitted2024-08-26
dc.description.abstractTato práce se zabývá vytvořením rozhraní pro proteinové interakce a experimentální design. Poskytuje základní informace o proteinových strukturách, neuronových sítích obecně a detailněji se zaměřuje na strukturu Transformer. Dále obsahuje informace o moderních systémech umělé inteligence pro predikce proteinových struktur jako jsou ESMFold a AlphaFold. Představuje metody pro použití těchto modelů v oblasti experimentálního hledání míst pro proteinové interakce a ukazuje možnost jak lze používat tyto modely pro objevení nových dříve neznámých inhibitorů enzymu Gaussia luciferázy.cs
dc.description.abstract-translatedThis work focuses on creating an interface for protein interactions and experimental design. It provides basic information about protein structures, neural networks in general, and specifically focuses on the structure of the Transformer model. Additionally, it includes information on modern artificial intelligence systems for protein structure predictions, such as ESMFold and AlphaFold. The thesis presents methods for utilizing these models in experimental searches for protein interaction sites and demonstrates how these models can be used to discover new, previously unknown inhibitors of the enzyme Gaussia luciferase.en
dc.description.departmentKatedra kybernetikycs
dc.description.resultObhájenocs
dc.format101
dc.identifier96359
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/58577
dc.language.isoen
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plznics
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezenícs
dc.rights.accessopenAccesscs
dc.subjectneuronové sítěcs
dc.subjecttransformercs
dc.subjectumělá inteligencecs
dc.subjectmetacentrumcs
dc.subjectsyntetická biologiecs
dc.subjectproteinycs
dc.subjectESMFoldcs
dc.subjectAlphaFoldcs
dc.subjectdockingcs
dc.subjectvelké jazykové modelycs
dc.subjectpredikcecs
dc.subjectframeworkcs
dc.subjectinterakcecs
dc.subject.translatedneural networksen
dc.subject.translatedtransformeren
dc.subject.translatedartificial intelligenceen
dc.subject.translatedmetacentrumen
dc.subject.translatedsynthetic biologyen
dc.subject.translatedproteinsen
dc.subject.translatedESMFolden
dc.subject.translatedAlphaFolden
dc.subject.translateddockingen
dc.subject.translatedlarge language modelsen
dc.subject.translatedpredictionen
dc.subject.translatedframeworken
dc.subject.translatedinteractionen
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných vědcs
dc.thesis.degree-levelNavazujícícs
dc.thesis.degree-nameIng.cs
dc.thesis.degree-programKybernetika a řídicí technikacs
dc.titleComputational framework for Protein-Protein docking prediction and experimental designcs
dc.typediplomová prácecs
local.files.count4*
local.files.size4809148*
local.has.filesyes*
local.relation.IShttps://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=96359

Files

Original bundle
Showing 1 - 4 out of 4 results
No Thumbnail Available
Name:
DP_Moravec.pdf
Size:
4.32 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
VŠKP
Download
No Thumbnail Available
Name:
PosudekOponentaSTAG-KuhajdaL-290923.pdf
Size:
63.58 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek oponenta VŠKP
Download
No Thumbnail Available
Name:
Moravec_vskp_posudek_signed.pdf
Size:
173.08 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek vedoucího VŠKP
Download
No Thumbnail Available
Name:
ProtokolSPrubehemObhajobySTAG.pdf
Size:
39.82 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Průběh obhajoby VŠKP
Download

Collections

Theses (KKY)