Computational framework for Protein-Protein docking prediction and experimental design
Date issued
2024-08-26
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Západočeská univerzita v Plzni
Abstract
Tato práce se zabývá vytvořením rozhraní pro proteinové interakce a experimentální design. Poskytuje základní informace o proteinových strukturách, neuronových sítích obecně a detailněji se zaměřuje na strukturu Transformer. Dále obsahuje informace o moderních systémech umělé inteligence pro predikce proteinových struktur jako jsou ESMFold a AlphaFold. Představuje metody pro použití těchto modelů v oblasti experimentálního hledání míst pro proteinové interakce a ukazuje možnost jak lze používat tyto modely pro objevení nových dříve neznámých inhibitorů enzymu Gaussia luciferázy.
Description
Subject(s)
neuronové sítě, transformer, umělá inteligence, metacentrum, syntetická biologie, proteiny, ESMFold, AlphaFold, docking, velké jazykové modely, predikce, framework, interakce