Kvasinkové systémy pro programovatelnou degradaci proteinů

Honzík, Tomáš

Kvasinkové systémy pro programovatelnou degradaci proteinů

dc.contributor.advisor	Georgiev Daniel, Doc. PhD.
dc.contributor.author	Honzík, Tomáš
dc.contributor.referee	Kasl Hynek, Ing.
dc.date.accepted	2022-9-8
dc.date.accessioned	2022-11-10T14:47:19Z
dc.date.available	2021-10-1
dc.date.available	2022-11-10T14:47:19Z
dc.date.issued	2022
dc.date.submitted	2022-8-26
dc.description.abstract	Návrh vícebuněčných biologických kvasinkových obvodů zpravidla spoléhá na feromonovou signalizaci. Osvědčeným přístupem je použití přirozených pářících signálů jako základ pro přenos informací z jedné buňky na druhou. Takové návrhy zpravidla používají aktivovanou formu transkripčního faktoru STE12 (výsledků feromonové indukce) jako rozhraní pro další zpracování signálu vytvořeného uvnitř buňky. Jelikož je STE12 aktivátor, tento přístup umožňuje pouze aktivaci genové exprese a represe musí být provedena nepřímo za pomoci exprese pomocného transkripčního faktoru (TF). Tato práce navrhuje jednoduchý výpočetní přístup pro kombinaci DNA sekvence promotoru a omických dat pro výběr divokých kvasinkových promotorů s~požadovanými vlastnostmi, tedy represí při indukci alfa-faktorem. Vyhnutím se vícekrokového přístupu a vytvořením represivního mechanismu přímo na úrovni promotoru je zajištěna ortogonalita k přirozeným buněčným procesům a umožněna lepší časová odezva.	cs
dc.description.abstract-translated	The design of multicellular biological yeast circuits usually relies on pheromone signaling. It is well established to use natural mating signaling as a~backbone of the information transmission from one cell to another. Such designs typically use an activated form of the transcription factor STE12 (a~result of the pheromone induction) as an interface for a downstream signal processing implemented within the cell. Since the STE12 is an activator, this approach only allows for the gene transcription activation and the repression must be done indirectly by expressing another transcription factor (TF). This work proposes a simple computational approach to the combination of the promoter DNA sequence and omics data for the selection of wild-type Saccharomyces Cerevisiae promoters with the desired repression of the transcription upon an alpha-factor induction. By avoiding the multistep process with intermediate TFs and building the repression mechanism directly on the promoter level, the orthogonality to cell machinery is guaranteed and time response is potentially improved.	en
dc.description.result	Obhájeno
dc.format	46 s
dc.identifier	90051
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11025/50247
dc.language.iso	en
dc.publisher	Západočeská univerzita v Plzni
dc.rights	Plný text práce je přístupný bez omezení
dc.subject	saccharomyces cerevisiae	cs
dc.subject	kvasinka	cs
dc.subject	logika	cs
dc.subject	not brána	cs
dc.subject	vícebuňečné sítě	cs
dc.subject	degradace bílkovin	cs
dc.subject	promotor	cs
dc.subject	ortogonalita	cs
dc.subject	modularita	cs
dc.subject.translated	saccharomyces cerevisiae	en
dc.subject.translated	yeast	en
dc.subject.translated	logic	en
dc.subject.translated	not gate	en
dc.subject.translated	multicellular networks	en
dc.subject.translated	protein degradation	en
dc.subject.translated	promoter	en
dc.subject.translated	orthogonality	en
dc.subject.translated	modularity	en
dc.thesis.degree-grantor	Západočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných věd
dc.thesis.degree-level	Navazující
dc.thesis.degree-name	Ing.
dc.thesis.degree-program	Aplikované vědy a informatika
dc.title	Kvasinkové systémy pro programovatelnou degradaci proteinů	cs
dc.title.alternative	Yeast systems for programmable protein degradation	en
dc.type	diplomová práce
local.relation.IS	https://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=90051