Kvasinkové systémy pro programovatelnou degradaci proteinů

Date issued

2022

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Publisher

Západočeská univerzita v Plzni

Abstract

Návrh vícebuněčných biologických kvasinkových obvodů zpravidla spoléhá na feromonovou signalizaci. Osvědčeným přístupem je použití přirozených pářících signálů jako základ pro přenos informací z jedné buňky na druhou. Takové návrhy zpravidla používají aktivovanou formu transkripčního faktoru STE12 (výsledků feromonové indukce) jako rozhraní pro další zpracování signálu vytvořeného uvnitř buňky. Jelikož je STE12 aktivátor, tento přístup umožňuje pouze aktivaci genové exprese a represe musí být provedena nepřímo za pomoci exprese pomocného transkripčního faktoru (TF). Tato práce navrhuje jednoduchý výpočetní přístup pro kombinaci DNA sekvence promotoru a omických dat pro výběr divokých kvasinkových promotorů s~požadovanými vlastnostmi, tedy represí při indukci alfa-faktorem. Vyhnutím se vícekrokového přístupu a vytvořením represivního mechanismu přímo na úrovni promotoru je zajištěna ortogonalita k přirozeným buněčným procesům a umožněna lepší časová odezva.

Description

Subject(s)

saccharomyces cerevisiae, kvasinka, logika, not brána, vícebuňečné sítě, degradace bílkovin, promotor, ortogonalita, modularita

Citation

Collections

OPEN License Selector