Návrh algoritmu pro identifikaci řídkých haplotypů u dárců kostní dřeně

Abstract

Práce se zabývá vývojem automatické metody identifikace řídkých haplotypů. Haplotypy s nízkou pravděpodobností výskytu je velmi obtížné získat základními metodami, tj. Clarkovým, EM a Bayesovým algoritmem. Nová metoda využívá haplotypy již získané k odvozování nových. Pro identifikaci haplotypu je potřeba najít nejlepší shodu varianty haplotypového páru s údaji v dostupné databázi. Často jsou haplotypy natolik vzácné, tj. řídké, že je potřeba přistoupit k analýze jednotlivých genových vazeb. Nedílnou součástí algoritmu je rozhodovací část, která z variant na základě dostupných parametrů vybírá tu nejvhodnější. Pomocí programu je možné stáhnout populační data z webu, případně stávající zaktualizovat. Taktéž je možné program používat pro porovnávání aktuálních výsledků s již dříve získanými.