Výpočet a vizualizace dutin ve velkých modelech molekul

Show simple item record
dc.contributor.advisorKolingerová, Ivana
dc.contributor.authorJirkovský, Lukáš
dc.contributor.refereeZemek, Michal
dc.date.accepted2014-06-16
dc.date.accessioned2015-03-25T09:26:59Z
dc.date.available2013-08-30cs
dc.date.available2015-03-25T09:26:59Z
dc.date.issued2014
dc.date.submitted2014-05-14
dc.description.abstractS pokrokem v biochemii a ve vývoji léků analýza molekulárních dat nabývá na důležitosti. Jednou z mnoha vlastností, které je možno zkoumat, jsou nepřístupné dutiny a povrchové prohlubně. K účelu jejich nalezení se obvykle definuje sonda reprezentující rozpouštědlo, jakým je např. voda. V diplomové práci jsem se zaměřil na řešení problému hledání a vizualizace dutin ve velkých molekulách až se stovkami tisíc atomů. Pro rychlé hledání dutin při proměnné velikosti sondy je využito předzpracování s vyžitím Delaunay triangulace atomů molekuly. Tvar dutiny je možné zpřesnit pomocí algoritmu využívající aditivně váženého Voroného diagramu. Protože nalezených dutin může být velmi mnoho, je důležité i jejich filtrování. Pro tento účel práce zavádí nové metody vyjadřující různé vlastnosti dutin, které mohou být k filtrování použity.cs
dc.description.abstract-translatedWith the advances in biochemistry and drug design in the late years, the analysis of molecular data has seen an increased attention. One of the many properties being researched are inaccessible cavities, which are an empty space inside a molecule, and surface depressions called pockets. To discover such empty space, a spherical probe representing a solvent is often used. In this thesis we tried to solve the problem of finding and visualizing cavities in large molecules of up to hundreds of thousands of atoms. The algorithm finds approximate cavities in a molecule. To allow quick updates when a probe radius is changed, it uses a preprocessing stage where a Delaunay triangulation of molecule atoms is computed. If a precise shape is desired, an algorithm that uses an additively-weighted Voronoi diagram can be used to improve the shape of cavity. Because there may be a large number of cavities found for a selected probe radius, the filtering of cavities is also important. To support filtering, new methods to measure cavity properties are introduced in this work.en
dc.description.departmentKatedra informatiky a výpočetní technikycs
dc.description.resultObhájenocs
dc.format69 s.cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier57867
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/12533
dc.language.isoenen
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plznics
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezení.cs
dc.rights.accessopenAccessen
dc.subjectproteincs
dc.subjectvisualizacecs
dc.subjectray castingcs
dc.subjectmodelovánícs
dc.subjectVoronoi diagramcs
dc.subjectdutinycs
dc.subjectDelaunayova triangulacecs
dc.subject.translatedproteinen
dc.subject.translatedvisualizationen
dc.subject.translatedray castingen
dc.subject.translatedmodellingen
dc.subject.translatedVoronoi diagramen
dc.subject.translatedcavitiesen
dc.subject.translatedDelaunay triangulationen
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných vědcs
dc.thesis.degree-levelNavazujícícs
dc.thesis.degree-nameIng.cs
dc.thesis.degree-programInženýrská informatikacs
dc.titleVýpočet a vizualizace dutin ve velkých modelech molekulcs
dc.title.alternativeComputation and Visualization of Cavities in Large Molecule Modelsen
dc.typediplomová prácecs
local.relation.IShttps://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=57867

Files

Original bundle
Showing 1 - 4 out of 4 results
No Thumbnail Available
Name:
thesis.pdf
Size:
14.49 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Plný text práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
A11N0140Phodnoceni-ved.pdf
Size:
260.62 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek vedoucího práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
A11N0140Pposudek-op.pdf
Size:
588.67 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek oponenta práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
A11N0140Pobhajoba.pdf
Size:
190.88 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Průběh obhajoby práce
Download

Collections

Theses (KIV)