Výpočet a vizualizace dutin ve velkých modelech molekul
Date issued
2014
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Západočeská univerzita v Plzni
Abstract
S pokrokem v biochemii a ve vývoji léků analýza molekulárních dat nabývá na důležitosti. Jednou z mnoha vlastností, které je možno zkoumat, jsou nepřístupné dutiny a povrchové prohlubně. K účelu jejich nalezení se obvykle definuje sonda reprezentující rozpouštědlo, jakým je např. voda.
V diplomové práci jsem se zaměřil na řešení problému hledání a vizualizace dutin ve velkých molekulách až se stovkami tisíc atomů. Pro rychlé hledání dutin při proměnné velikosti sondy je využito předzpracování s vyžitím Delaunay triangulace atomů molekuly. Tvar dutiny je možné zpřesnit pomocí algoritmu využívající aditivně váženého Voroného diagramu.
Protože nalezených dutin může být velmi mnoho, je důležité i jejich filtrování. Pro tento účel práce zavádí nové metody vyjadřující různé vlastnosti dutin, které mohou být k filtrování použity.
Description
Subject(s)
protein, visualizace, ray casting, modelování, Voronoi diagram, dutiny, Delaunayova triangulace