CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

Abstract

Motivace: Studování transportních cest ligandů, molekul rozpouštědla nebo iontů v trans-membránových proteinech a proteinech s hluboce skrytými aktivním místy tvoří základ k porozumění jejich biologické funkce. Detailní analýza strukturálních vlastností ovlivňujících transportní cesty je také důležitá při výrobě proteinů pro bio-medicínské a bio-technologické aplikace. Výsledky: CAVER Analyst 2.0 je softwarový nástroj pro kvantitativní analýzu a vizualizaci tunelů a kanálů v reálném čase ve statických a dynamických strukturách. Tato verze poskytuje uživatelům mnoho nových funkcí zahrnujících pokročilé techniky intuitivní vizuální inspekce prostoro-časového chování tunelů a kanálů. Novátorské algoritmy zde přináší možnost provádět efektivní analýzu a redukci dat ve velkých proteinových strukturách a simulacích molekulární dynamiky. Dostupnost a implementace: CAVER Analyst 2.0 je multi-platformní samostatná aplikace založená na jazyce Java. Aplikace a dokumentace jsou volně k dispozici na adrese www.caver.cz.

Description

Subject(s)

protein, tunel, software, vizualizace

Citation

JURČÍK, A., BEDNÁŘ, D., BYŠKA, J., MARQUES, S. M., FURMANOVÁ, K., DANIEL, L., KOKKONEN, P. P., BREZOVSKÝ, J., STRNAD, O., ŠTOURAČ, J., PAVELKA, A., MAŇÁK, M., DAMBORSKÝ, , KOZLÍKOVÁ, B. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. In: Bioinformatics, 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803.
OPEN License Selector