Nástroj pro automatickou identifikaci KIR alel

Show simple item record
dc.contributor.advisorHoudová Lucie, Ing. Ph.D.
dc.contributor.authorKratochvílová, Kateřina
dc.contributor.refereeKohout Josef, Doc. Ing. Ph.D.
dc.date.accepted2020-9-8
dc.date.accessioned2020-11-10T00:38:40Z
dc.date.available2019-9-11
dc.date.available2020-11-10T00:38:40Z
dc.date.issued2020
dc.date.submitted2020-8-7
dc.description.abstractDiplomová práce se zabývá identifikací KIR alel. Cílem práce je návrh a im- plementace nástroje pro jejich automatickou identifikaci. V práci jsou před- staveny KIR geny a metody získávaní genomických dat s využitím DNA sekvenace, konkrétně next-generation sequencing (NGS). Dále byly analyzo- vány využitelné bioinformatické nástroje. Samotný identifikační nástroj byl vyvíjen na syntetických readech a nakonec testován a verifikován na datech komerčních linii DNA získaných z FN Plzeň/BC LF UK Plzeň. Vytváření syntetických readů probíhalo pomocí nástroje ART, pro zarovnávání readů na referenční DNA sekvence byl využit nástroj Bowtie2. V rámci vývoje bylo navrženo několik možných přístupů, které byly poté vyhodnoceny s ohledem na jejich možné využití.cs
dc.description.abstract-translatedThis masters thesis is focused on the identification of KIR alleles. The aim is to design and implement a tool for their automatic identification. First, the KIR genes and methods used to obtain the genomic data using DNA sequencing - next-generation sequencing (NGS) - were introduced. Secondly, the possible bioinformatic tools were analyzed. The identification tool was developed on synthetics reads and then tested and verified by commercial DNA data acquired from FN Plzeň / BC LF UK Plzeň. The creation of synthetic reads was done with a help of ART tool and referencial DNA sequence alligning was done by Bowtie2. During the development, several approaches were proposed and evaluated based on their possible application.en
dc.description.resultObhájenocs
dc.format101 s. (119 141 znaků)cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier82456
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/41750
dc.language.isocscs
dc.publisherZápadočeská univerzita v Plznics
dc.rightsPlný text práce je přístupný bez omezení.cs
dc.rights.accessopenAccessen
dc.subjectdnacs
dc.subjectgenycs
dc.subjectalelacs
dc.subjectkircs
dc.subjectkiller-cell imunoglobulin-like receptorcs
dc.subjectnon-hlacs
dc.subjectngscs
dc.subjectnext-generation sequencingcs
dc.subjectpythoncs
dc.subject.translateddnaen
dc.subject.translatedgensen
dc.subject.translatedallelesen
dc.subject.translatedkiller-cell imunoglobulin-like receptoren
dc.subject.translatednon-hlaen
dc.subject.translatedngsen
dc.subject.translatednext-generation sequencingen
dc.subject.translatedpythonen
dc.thesis.degree-grantorZápadočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných vědcs
dc.thesis.degree-levelNavazujícícs
dc.thesis.degree-nameIng.cs
dc.thesis.degree-programInženýrská informatikacs
dc.titleNástroj pro automatickou identifikaci KIR alelcs
dc.title.alternativeTool for automatic identification of KIR allelesen
dc.typediplomová prácecs
local.relation.IShttps://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=82456

Files

Original bundle
Showing 1 - 5 out of 5 results
No Thumbnail Available
Name:
dokumentace_Kratochvilova_Katerina_0.pdf
Size:
5 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Plný text práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
A17N0035Phodnoceni-ved.PDF
Size:
441.05 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek vedoucího práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
A17N0035Pposudek-op.pdf
Size:
193.73 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Posudek oponenta práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
A17N0035Pobhajoba.PDF
Size:
298.18 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Průběh obhajoby práce
Download
No Thumbnail Available
Name:
Kratochvilova_diplomova_prace.zip
Size:
1.43 GB
Format:
ZIP
Description:
VŠKP - příloha
Download

Collections

Theses (KIV)