Nástroj pro automatickou identifikaci KIR alel
Date issued
2020
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Západočeská univerzita v Plzni
Abstract
Diplomová práce se zabývá identifikací KIR alel. Cílem práce je návrh a im-
plementace nástroje pro jejich automatickou identifikaci. V práci jsou před-
staveny KIR geny a metody získávaní genomických dat s využitím DNA
sekvenace, konkrétně next-generation sequencing (NGS). Dále byly analyzo-
vány využitelné bioinformatické nástroje. Samotný identifikační nástroj byl
vyvíjen na syntetických readech a nakonec testován a verifikován na datech
komerčních linii DNA získaných z FN Plzeň/BC LF UK Plzeň. Vytváření
syntetických readů probíhalo pomocí nástroje ART, pro zarovnávání readů
na referenční DNA sekvence byl využit nástroj Bowtie2. V rámci vývoje bylo
navrženo několik možných přístupů, které byly poté vyhodnoceny s ohledem
na jejich možné využití.
Description
Subject(s)
dna, geny, alela, kir, killer-cell imunoglobulin-like receptor, non-hla, ngs, next-generation sequencing, python