Extrakce mezibuněčné hmoty z histologických mikroskopických snímků jater pomocí metod strojového učení

Abstract

Hlavním tématem této diplomové práce je navržení a následná implementace metody pro extrakci jaterní mezibuněčné hmoty (extracelulárního matrixu) z mikroskopických histologických snímků. Navrženou metodu lze rozdělit do několika na sebe navazujících kroků. Nejprve dojde k segmentaci buněčných jader, následně dojde k jejich filtraci (metoda inpaintingu) s využitím binární masky získané ze segmentace. V závěrečné části se obraz s filtrovanými buněčnými jádry opět segmentuje, tentokrát však již segmentujeme mezibuněčnou hmotu. Pro potřebu zpracování mikroskopických obrazů jsme vyvinuli modul v jazyce Python, který umožňuje dané paměťově náročné obrazy zpracovávat po jednotlivých dlaždicích. V závěru práce jsme porovnali výsledky naší metodu s metodou založenou na generativních neuronových sítích, tzv. GANech a ověřili funkčnost navrženého řešení.

Description

Subject(s)

umělá inteligence, lékařství, mezibuněčná hmota, histologie, filtrace, segmentace

Citation

Collections

OPEN License Selector