Využití paralelismu pro analýzu biomolekul
| dc.contributor.advisor | Maňák, Martin | |
| dc.contributor.author | Majdišová, Zuzana | |
| dc.contributor.referee | Skála, Jiří | |
| dc.date.accepted | 2014-06-16 | |
| dc.date.accessioned | 2015-03-25T09:27:00Z | |
| dc.date.available | 2013-08-30 | cs |
| dc.date.available | 2015-03-25T09:27:00Z | |
| dc.date.issued | 2014 | |
| dc.date.submitted | 2014-05-09 | |
| dc.description.abstract | Efektivní analýza biomolekul často vyžaduje popis prostorových vztahů mezi jednotlivými atomy pomocí aditivně váženého Voronoi diagramu, avšak pro velké molekuly a sekvence molekul je získání diagramu časově i paměťově náročné. Cílem práce je prozkoumat možnosti využití vyššího stupně paralelismu GPU k urychlení výpočtu diagramu, navrhnout a implementovat vhodné řešení pro velké molekuly a sekvence. Navržené řešení je založeno na algoritmu trasování hran, přičemž výpočet koncového vrcholu Voronoi hrany je počítán pomocí GPGPU. | cs |
| dc.description.abstract-translated | Effective analysis of biomolecules often requires a description of the spatial relationships between individual atoms using the additively weighted Voronoi diagram. However obtaining such diagrams for large molecules and molecular sequences is a time and memory consuming task. The goal is to explore the possibility of using a higher degree of parallelism offered by GPU to accelerate the computation, and to design and implement appropriate solutions to large molecules and sequences. The proposed solution is based on the edge-tracing algorithm and computes the end vertex of Voronoi edge using GPGPU. | en |
| dc.description.department | Katedra informatiky a výpočetní techniky | cs |
| dc.description.result | Obhájeno | cs |
| dc.format | 62 s. | cs |
| dc.format.mimetype | application/pdf | |
| dc.identifier | 57869 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11025/12535 | |
| dc.language.iso | cs | cs |
| dc.publisher | Západočeská univerzita v Plzni | cs |
| dc.rights | Plný text práce je přístupný bez omezení. | cs |
| dc.rights.access | openAccess | en |
| dc.subject | aditivně vážený | cs |
| dc.subject | Voronoi | cs |
| dc.subject | GPU | cs |
| dc.subject | OpenCL | cs |
| dc.subject | paralelismus | cs |
| dc.subject.translated | additively weighted | en |
| dc.subject.translated | Voronoi | en |
| dc.subject.translated | GPU | en |
| dc.subject.translated | OpenCL | en |
| dc.subject.translated | parallelism | en |
| dc.thesis.degree-grantor | Západočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných věd | cs |
| dc.thesis.degree-level | Navazující | cs |
| dc.thesis.degree-name | Ing. | cs |
| dc.thesis.degree-program | Inženýrská informatika | cs |
| dc.title | Využití paralelismu pro analýzu biomolekul | cs |
| dc.title.alternative | Utilization of parallelism for analysis of biomolecules | en |
| dc.type | diplomová práce | cs |
| local.relation.IS | https://portal.zcu.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=57869 |
Files
Original bundle
1 - 4 out of 4 results
No Thumbnail Available
- Name:
- vyuziti_paralelismu_pro_analyzu_biomolekul.pdf
- Size:
- 14.06 MB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- Plný text práce
No Thumbnail Available
- Name:
- A11N0142Phodnoceni-ved.pdf
- Size:
- 336.78 KB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- Posudek vedoucího práce
No Thumbnail Available
- Name:
- A11N0142Pposudek-op.pdf
- Size:
- 347.4 KB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- Posudek oponenta práce
No Thumbnail Available
- Name:
- A11N0142Pobhajoba.pdf
- Size:
- 179.14 KB
- Format:
- Adobe Portable Document Format
- Description:
- Průběh obhajoby práce