Využití paralelismu pro analýzu biomolekul
Date issued
2014
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Západočeská univerzita v Plzni
Abstract
Efektivní analýza biomolekul často vyžaduje popis prostorových vztahů mezi jednotlivými atomy pomocí aditivně váženého Voronoi diagramu, avšak pro velké molekuly a sekvence molekul je získání diagramu časově i paměťově náročné. Cílem práce je prozkoumat možnosti využití vyššího stupně paralelismu GPU k urychlení výpočtu diagramu, navrhnout a implementovat vhodné řešení pro velké molekuly a sekvence. Navržené řešení je založeno na algoritmu trasování hran, přičemž výpočet koncového vrcholu Voronoi hrany je počítán pomocí GPGPU.
Description
Subject(s)
aditivně vážený, Voronoi, GPU, OpenCL, paralelismus