Využití paralelismu pro analýzu biomolekul

Abstract

Efektivní analýza biomolekul často vyžaduje popis prostorových vztahů mezi jednotlivými atomy pomocí aditivně váženého Voronoi diagramu, avšak pro velké molekuly a sekvence molekul je získání diagramu časově i paměťově náročné. Cílem práce je prozkoumat možnosti využití vyššího stupně paralelismu GPU k urychlení výpočtu diagramu, navrhnout a implementovat vhodné řešení pro velké molekuly a sekvence. Navržené řešení je založeno na algoritmu trasování hran, přičemž výpočet koncového vrcholu Voronoi hrany je počítán pomocí GPGPU.

Description

Subject(s)

aditivně vážený, Voronoi, GPU, OpenCL, paralelismus

Citation

Collections

OPEN License Selector