Using virtual microscopy for the development of sampling strategies in quantitative histology and design-based stereology

Show simple item record
dc.contributor.authorKolinko, Yaroslav
dc.contributor.authorMalečková, Anna
dc.contributor.authorKochová, Petra
dc.contributor.authorGrajciarová, Martina
dc.contributor.authorBlassová, Tereza
dc.contributor.authorKural, Tomáš
dc.contributor.authorTrailin, Andriy
dc.contributor.authorČervenková, Lenka
dc.contributor.authorHavránková, Jiřina
dc.contributor.authorVištejnová, Lucie
dc.contributor.authorTonarová, Pavla
dc.contributor.authorMoulisová, Vladimíra
dc.contributor.authorJiřík, Miroslav
dc.contributor.authorZavaďáková, Anna
dc.contributor.authorTichánek, Filip
dc.contributor.authorLiška, Václav
dc.contributor.authorKrálíčková, Milena
dc.contributor.authorWitter, Kirsti
dc.contributor.authorTonar, Zbyněk
dc.date.accessioned2022-02-28T11:00:23Z
dc.date.available2022-02-28T11:00:23Z
dc.date.issued2022
dc.description.abstractNa histologickou kvantifikaci je zpravidla použita pouze malá část vzorků. Využívají se víceúrovňové odběrové nebo tkáňové sondy a zorná pole (FOV) v oblastech zájmu (ROI). Všem částem zkoumaných orgánů by měla být dána stejná pravděpodobnost, aby byly brány v úvahu; to znamená, že vzorkování by mělo být nezkreslené na všech úrovních. Cílem naší studie bylo poskytnout přehled o využití virtuální mikroskopie v kontextu vývoje vzorkovacích strategií FOV pro stereologickou kvantifikaci. Tuto myšlenku jsme rozpracovali na 18 příkladech z různých oblastí histologie, včetně kvantifikace extracelulární matrix a svalové tkáně, kvantifikace orgánových a nádorových mikrocév a tumor infiltrujících lymfocytů, posouzení osseointegrace kostních implantátů, hojení střevních anastomóz a osteochondrálních defektů, počítání mozkových neuronů, počítání jader in vitro buněčných kultur a další. Poskytli jsme praktické důsledky pro nejběžnější situace, jako je vyčerpávající vzorkování oblastí zájmu, vzorkování oblastí zájmu různých velikostí, vzorkování stejných oblastí zájmu pro více histologických metod, vzorkování více oblastí zájmu s různou intenzitou nebo pomocí různých objektivů, vícefázové vzorkování a virtuální vzorkování. Součástí práce jsou doporučení pro pilotní studie o systematickém jednotném náhodném vzorkování FOV jako součást optimalizace účinnosti histologické kvantifikace, aby se zabránilo nadměrnému nebo nedostatečnému vzorkování. Kriticky jsme diskutovali o výhodách a nevýhodách používání virtuálních sekcí pro vzorkování FOV z celých naskenovaných sekcí. Náš přehled ukázal, že skeny histologických řezů na celé sklíčko usnadňují návrh strategií odběru vzorků pro kvantitativní histologii.cs
dc.description.abstract-translatedOnly a fraction of specimens under study are usually selected for quantification in histology. Multilevel sampling or tissue probes, slides and fields of view (FOVs) in the regions of interest (ROIs) are required. In general, all parts of the organs under study should be given the same probability to be taken into account; that is, the sampling should be unbiased on all levels. The objective of our study was to provide an overview of the use of virtual microscopy in the context of developing sampling strategies of FOVs for stereological quantification. We elaborated this idea on 18 examples from multiple fields of histology, including quantification of extracellular matrix and muscle tissue, quantification of organ and tumour microvessels and tumour-infiltrating lymphocytes, assessing osseointegration of bone implants, healing of intestine anastomoses and osteochondral defects, counting brain neurons, counting nuclei in vitro cell cultures and others. We provided practical implications for the most common situations, such as exhaustive sampling of ROIs, sampling ROIs of different sizes, sampling the same ROIs for multiple histological methods, sampling more ROIs with variable intensities or using various objectives, multistage sampling and virtual sampling. Recommendations were provided for pilot studies on systematic uniform random sampling of FOVs as a part of optimizing the efficiency of histological quantification to prevent over- or undersampling. We critically discussed the pros and cons of using virtual sections for sampling FOVs from whole scanned sections. Our review demonstrated that whole slide scans of histological sections facilitate the design of sampling strategies for quantitative histology.en
dc.format20 s.cs
dc.format.mimetypeapplication/pdf
dc.identifier.citationKOLINKO, Y. MALEČKOVÁ, A. KOCHOVÁ, P. GRAJCIAROVÁ, M. BLASSOVÁ, T. KURAL, T. TRAILIN, A. ČERVENKOVÁ, L. HAVRÁNKOVÁ, J. VIŠTEJNOVÁ, L. TONAROVÁ, P. MOULISOVÁ, V. JIŘÍK, M. ZAVAĎÁKOVÁ, A. TICHÁNEK, F. LIŠKA, V. KRÁLÍČKOVÁ, M. WITTER, K. TONAR, Z. Using virtual microscopy for the development of sampling strategies in quantitative histology and design-based stereology. ANATOMIA HISTOLOGIA EMBRYOLOGIA, 2022, roč. 51, č. 1, s. 3-22. ISSN: 0340-2096cs
dc.identifier.document-number720838900001
dc.identifier.doi10.1111/ahe.12765
dc.identifier.issn0340-2096
dc.identifier.obd43934022
dc.identifier.uri2-s2.0-85119514999
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/11025/47017
dc.language.isoenen
dc.project.IDEF17_048/0007280/Aplikace moderních technologií v medicíně a průmyslucs
dc.publisherWileyen
dc.relation.ispartofseriesAnatomia Histologia Embryologiaen
dc.rightsPlný text není přístupný.cs
dc.rights© Wileyen
dc.rights.accessclosedAccessen
dc.subjecthistologické preparátycs
dc.subjectkvantitativní mikroskopiecs
dc.subjectvzorkovánícs
dc.subjectstereologiecs
dc.subjectdesign studiecs
dc.subjectveterinární histologiecs
dc.subject.translatedhistological slidesen
dc.subject.translatedquantitative microscopyen
dc.subject.translatedsamplingen
dc.subject.translatedstereologyen
dc.subject.translatedstudy designen
dc.subject.translatedveterinary histologyen
dc.titleUsing virtual microscopy for the development of sampling strategies in quantitative histology and design-based stereologyen
dc.title.alternativeVyužití virtuální mikroskopie pro vývoj vzorkovacích strategií v kvantitativní histologii a designově založené stereologiics
dc.typečlánekcs
dc.typearticleen
dc.type.statusPeer-revieweden
dc.type.versionpublishedVersionen

Files

Collections

OBD
 Articles (NTIS)