Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů

Staníček, David

Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů

dc.contributor.advisor	Houdová Lucie, Ing. Ph.D.
dc.contributor.author	Staníček, David
dc.contributor.referee	Jani Filip, Ing.
dc.date.accepted	2023-6-20
dc.date.accessioned	2024-01-08T23:11:19Z
dc.date.available	2022-10-17
dc.date.available	2024-01-08T23:11:19Z
dc.date.issued	2023
dc.date.submitted	2023-5-29
dc.description.abstract	Tato práce se zabývá vytvořením nástroje pro automatické hodnocení zarovnávacích nástrojů pro data, která jsou výstupem sekvenačních systémů nové generace (NGS). V první části jsou shrnuty základní teoretické poznatky o získávání těchto dat. Dále jsou shrnuty některé nástroje a jejich vlastnosti a aktuální situace poznání v tomto směru. V další části jsou definovány hodnotící metriky, poté následuje sada experimentů spolu s výsledným zhodnocením konkrétních nástrojů. Cílem této práce je vytvořit nástroj, který automaticky podrobuje zarovnávací software zkouškám za účelem zhodnocení jejich výkonu, předností a nedostatků.	cs
dc.description.abstract-translated	This work deals with the creation of a tool for automatic evaluation of alignment tools for data generated by next-generation sequencing (NGS) systems. The first part provides a summary of the basic theoretical knowledge about obtaining such data. It further summarizes some tools and their characteristics, as well as the current state of knowledge in this field. The next part defines evaluation metrics, followed by a series of experiments and the resulting assessment of specific tools. The outcome of this work is a tool that automatically subjects alignment software to tests to evaluate their performance, strengths, and weaknesses.	en
dc.description.result	Obhájeno
dc.format	45 s.
dc.identifier	93424
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/11025/55045
dc.language.iso	cs
dc.publisher	Západočeská univerzita v Plzni
dc.rights	Plný text práce je přístupný bez omezení
dc.subject	ngs	cs
dc.subject	dna data	cs
dc.subject	zarovnání ngs dat	cs
dc.subject	automatické hodnocení	cs
dc.subject	editační vzdálenost	cs
dc.subject	ngs zarovnávací nástroje	cs
dc.subject.translated	ngs	en
dc.subject.translated	dna data	en
dc.subject.translated	ngs data alignment	en
dc.subject.translated	automatic evaluation	en
dc.subject.translated	editing distance	en
dc.subject.translated	ngs alignment tools	en
dc.thesis.degree-grantor	Západočeská univerzita v Plzni. Fakulta aplikovaných věd
dc.thesis.degree-level	Bakalářský
dc.thesis.degree-name	Bc.
dc.thesis.degree-program	Kybernetika a řídicí technika
dc.title	Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů	cs
dc.title.alternative	Automatic measurement of metrics of NGS alignment tools	en
dc.type	bakalářská práce