Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů

Abstract

Tato práce se zabývá vytvořením nástroje pro automatické hodnocení zarovnávacích nástrojů pro data, která jsou výstupem sekvenačních systémů nové generace (NGS). V první části jsou shrnuty základní teoretické poznatky o získávání těchto dat. Dále jsou shrnuty některé nástroje a jejich vlastnosti a aktuální situace poznání v tomto směru. V další části jsou definovány hodnotící metriky, poté následuje sada experimentů spolu s výsledným zhodnocením konkrétních nástrojů. Cílem této práce je vytvořit nástroj, který automaticky podrobuje zarovnávací software zkouškám za účelem zhodnocení jejich výkonu, předností a nedostatků.

Description

Subject(s)

ngs, dna data, zarovnání ngs dat, automatické hodnocení, editační vzdálenost, ngs zarovnávací nástroje

Citation

OPEN License Selector