Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů
Date issued
2023
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Západočeská univerzita v Plzni
Abstract
Tato práce se zabývá vytvořením nástroje pro automatické hodnocení zarovnávacích
nástrojů pro data, která jsou výstupem sekvenačních systémů nové generace (NGS). V
první části jsou shrnuty základní teoretické poznatky o získávání těchto dat. Dále jsou
shrnuty některé nástroje a jejich vlastnosti a aktuální situace poznání v tomto směru.
V další části jsou definovány hodnotící metriky, poté následuje sada experimentů spolu
s výsledným zhodnocením konkrétních nástrojů. Cílem této práce je vytvořit nástroj,
který automaticky podrobuje zarovnávací software zkouškám za účelem zhodnocení
jejich výkonu, předností a nedostatků.
Description
Subject(s)
ngs, dna data, zarovnání ngs dat, automatické hodnocení, editační vzdálenost, ngs zarovnávací nástroje