SPARQL Query-Builder for Medical Temporal Data

Abstract

Technologie sémantického webu a metodika propojených dat jsou široce používané v různých oblastech. Léčba pacienta je proces, kde se temporální data běžně vyskytují. Lékařské zprávy, vyšetření zobrazovacích metod nebo laboratorní výsledky během léčby vznikají a všechny obsahují informaci o datu a času události. Příprava dat pro analýzů je často náročná. Používáme temporální medicínská data uložená v RDF a přístupná prostřednictvím SPARQL Endpointu. Pro analýzu lékaři je nutné transformovat data z RDF to tabulkového procesoru. Naším cílem je vytvořit generátor ve SPARQL, který bude generovat dotazy typu SELECT. Každý dotaz umožní získat potřebnou množinu dat pro následující analýzu ze SPARQL Endpointu s dostupnými daty. Generátor by se měl sám konfigurovat v případě předem známých ontologií, konceptů, časových značek/timepointů, atributů, příslušnosti ke konceptu, omezení oboru hodnot, anotací a RDF slovníků. Příspěvek popisuje prototyp webově orientované aplikace SPARQL generátoru. Hlavní výhodou je jednoduché uživatelské rozhraní, kde může vytvářet komplexní dotazy s množstvím atributů a timepointů i uživatel zcela bez znalosti SPARQL. Přímé použití a vyhodnocení na SPARQL Endpointu je možné. Výsledná tabulková data lze použít pro následnou analýzu běžnými nástroji.