Compact storage of additively weighted Voronoi diagrams
| dc.contributor.author | Maňák, Martin | |
| dc.contributor.author | Anikeenko, Alexey | |
| dc.contributor.author | Váša, Libor | |
| dc.contributor.author | Kolingerová, Ivana | |
| dc.date.accessioned | 2024-01-15T11:00:15Z | |
| dc.date.available | 2024-01-15T11:00:15Z | |
| dc.date.issued | 2022 | |
| dc.description.abstract | Voroného diagramy a jejich duální struktury jsou často využívány v analýzách proteinových modelů, kde jsou atomy reprezentovány pomocí koulí. Aditivně vážený diagram (aw-VD) je obzvláště užitečný v této oblasti, protože zohledňuje variabilitu velikosti koulí. Dynamické chování proteinů lze realisticky modelovat pomocí simulace molekulární dynamiky zaznamenávající pozice atomů v diskrétních časových snímcích. Aw-VD pro tyto snímky však vyžadují hodně místa. S tímto problémem by mohly pomoci úzce specializované metody komprese, avšak dostupné algoritmy jsou zaměřené primárně na kompresi obyčejných tetrahedronových sítí, nikoliv na aw-VD, jejichž duální struktura může obsahovat anomálie komplikující jak inverzi duality tak procházení strukturou tetrahedronové sítě. Proto jsme navrhli metodu, která dokáže kompaktně uložit příslušnou duální strukturu. Navržená metoda vychází z obecných principů stroje pracujícího s hranicí řezu a vylepšuje tyto nápady v různých směrech tak, že je metoda aplikovatelná na aw-VD a výkonostně pracuje dobře na proteinových datech. | cs |
| dc.description.abstract-translated | Voronoi diagrams and their dual tetrahedral structures are often utilized in various analyses of protein models where atoms are represented as balls. The additively weighted kind of Voronoi diagrams (aw-VD) is particularly useful in this area because it includes the variability of ball size. The dynamic behavior of proteins can be realistically modeled by a simulation of molecular dynamics recording atom positions at discrete snapshots of time. However, aw-VDs for these snapshots require a lot of storage. This is where domain-specific compression could help, but available algorithms are oriented primarily to the compression of ordinary tetrahedral meshes, not to aw-VDs whose dual tetrahedral structure may have anomalies complicating duality inversion and tetrahedral mesh traversal. Therefore, we propose a method that can compactly store the dual tetrahedral structure. The method is built on general ideas of an already known cut-border machine and improves these ideas in several ways so it can be applied to aw-VDs and perform well on protein data. | en |
| dc.format | 15 s. | cs |
| dc.format.mimetype | application/pdf | |
| dc.identifier.citation | MAŇÁK, M.; ANIKEENKO, A.; VÁŠA, L.; KOLINGEROVÁ, I. Compact storage of additively weighted Voronoi diagrams. Visual Computer, 2022, roč. 39, č. 11, s. 5389-5404. ISSN 0178-2789. | cs |
| dc.identifier.document-number | 866293500001 | |
| dc.identifier.doi | 10.1007/s00371-022-02667-z | |
| dc.identifier.issn | 0178-2789 | |
| dc.identifier.obd | 43938390 | |
| dc.identifier.uri | 2-s2.0-85139672693 | |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/11025/55072 | |
| dc.language.iso | en | en |
| dc.project.ID | GA17-07690S/Metody identifikace a vizualizace tunelů pro flexibilní ligandy v dynamických proteinech | cs |
| dc.project.ID | GA20-02154S/Metody reprezentace a zpracování trojrozměrných dynamických tvarů | cs |
| dc.project.ID | LO1506/PUNTIS - Podpora udržitelnosti centra NTIS - Nové technologie pro informační společnost | cs |
| dc.publisher | Springer | en |
| dc.relation.ispartofseries | Visual Computer | en |
| dc.rights | Plný text je přístupný v rámci univerzity přihlášeným uživatelům | cs |
| dc.rights | © The Author(s) | en |
| dc.rights.access | restrictedAccess | en |
| dc.subject | Voroného diagram | cs |
| dc.subject | aditivní váhy | cs |
| dc.subject | kvazi-triangulace | cs |
| dc.subject | tetrahedrony | cs |
| dc.subject | hranice řezu | cs |
| dc.subject | komprese | cs |
| dc.subject.translated | Voronoi diagram | en |
| dc.subject.translated | additive weights | en |
| dc.subject.translated | quasi-triangulation | en |
| dc.subject.translated | tetrahedra | en |
| dc.subject.translated | cut-border | en |
| dc.subject.translated | compression | en |
| dc.title | Compact storage of additively weighted Voronoi diagrams | en |
| dc.title.alternative | Kompaktní uložení aditivně vážených Voroného diagramů | cs |
| dc.type | článek | cs |
| dc.type | article | en |
| dc.type.status | Peer-reviewed | en |
| dc.type.version | publishedVersion | en |